יהודים מתגוררים בליטא עוד מימיו של הדוכס הגדול גדימינוס אשר ייסד את המדינה הליטאית הראשונה במאה ה – 14. עד סוף המאה ה -15 כבר התנהלו קהילות יהודיות משגשגות במדינה. עם הזמן, וילנה נודעה בשם "ירושלים של ליטא", מרכז גדול של לימוד דתי יהודי. יהודי ליטא חיו חיים יהודיים אינטנסיביים, ותפקידם והשפעתם בתנועות הפוליטיות והתרבותיות היהודיות הגדולות היה הרבה יותר מכפי שמספרם היחסי היה. ישנם בתי כנסת בווילנה ובקובנה, אך הנוכחות של מתפללי בית הכנסת נמוכה. מצות ואספקה אחרת, כגון בשר כשר ויין, מיובאים למדינה. שליח חב"ד המקומי המפעיל את בית חב"ד פעיל מאוד בקרב היהודים הצעירים ומנגיש מידע על היהדות. ערב השואה חיו בליטא העצמאית כ - 160,000 יהודים ועוד כ - 60,000 יהודים חיו בווילנה ובסביבותיה, שהועברו לליטא לאחר כיבוש מזרח פולין על ידי ברית המועצות. אוכלוסייה זו נתמכה על ידי פליטים יהודים מפולין הכבושה אשר נכבשה בידי הגרמנים. במהלך הכיבוש הגרמני ושליטת הנאצים בליטא, כ -95% מיהודי ליטא נרצחו (אחוז גבוה יותר מכל קהילה אחרת באירופה), במידה רבה הודות להשתתפותם הנלהבת של ליטאים מקומיים. אתרים חשובים כוללים את הרובע היהודי מימי הביניים של וילנה ואת קברו של הגר"א. בית הכנסת הרומנסקי-מורי כוראל הוא בית התפילה היהודי היחיד במדינה ששרד את השואה. בין החפצים במוזיאון היהודי הממלכתי בווילנה ניתן למצוא פריטים פולחניים שהוצאו מבית הכנסת הגדול שנהרס על ידי הסובייטים. אלה כוללים חלקים של ארון הקודש המקורי ושולחן קריאה בתורה. המוזיאון כולל גם קטע המוקדש להרס הקהילה היהודית בליטא. בטרוקי יש מוזיאון הצמוד לבית הכנסת הקראי, המספר את סיפורה של הקהילה. שטח ההריגה הנאצי פאנריי (פונארי), בו נרצחו 70,000 יהודים, והפורט התשיעי המפורסם של קובנה מושכים גם הם מבקרים.