ישנן עדויות לכך שבכרתים פעלה קהילה יהודית עוד לפני תקופת האימפריה החשמונאית בשנת 160 לפנה"ס, ומלבד תקופה קצרה בסביבות 400 לספירה התקיימו חיים יהודים בכרתים עד שנת 1944, כאשר 276 היהודים שנותרו באי נכלאו ותוכננו להישלח לאושוויץ אך האוניה שהובילה אותם טובעה וכולם נספו.
בתחילת המלחמה היוונית-טורקית בשנת 1897 היו בכרתים 225 משפחות יהודיות, או 1,150 נפשות באוכלוסייה כוללת של 250,000 נפשות, שחולקו בין שלוש הערים: חניה (200 משפחות), הרקליון/קנדיה (20 משפחות) רתימנו ( 5 משפחות). הם עסקו במסחר ובעיסוקים ידניים שונים. בין סוף המלחמה לשנת 1994 רבים מהאוכלוסייה המקומית עשו כמיטב יכולתם להסיר עקבות של הקהילה היהודית שהתגוררה באי. בשנת 1995 הוחלט - ללא נוכחות יהודית שהתגוררה באי – לשפץ ולבנות מחדש את בית הכנסת עץ חיים. עד שנת 1999 בית הכנסת הוקם מחדש ונחנך, כיום בית הכנסת הוא השריד היחיד להיסטוריה הארוכה של הקהילה היהודית באי.
בתחילת שנת 2017 נפתח באי בית חב"ד, אך נכון לעכשיו (יוני 2021) אין פעילות של חב"ד באי ואין מסעדה כשרה או מקום המוכר אוכל כשר.
אך מלון כפסיס אליט היוקרתי מפעיל מסעדה כשרה במתחם ומציע אירוח כשר בתקופות מסוימות במהלך השנה. כאמור – השירות אינו זמין כל השנה ולכן יש ליצור קשר ולוודא זמינות של אוכל כשר (תחת השגחה כמובן) במלון.